Lima Hari Bergelut dengan Varian Delta

MULAI 7 hingga 11 Juni, kami para peneliti yang tergabung dalam Tim Whole Genome Sequencing (WGS) SARS-CoV-2 Yogyakarta dan Jawa Tengah yang bermarkas di FK-KMK UGM berkejaran dengan waktu. Kami harus memastikan proses identifikasi virus korona yang mengamuk di Kudus, Jawa Tengah, berjalan cepat.

Semakin cepat dikenali, proses mitigasi, penanganan, hingga penelitian jenis vaksin yang bisa ampuh menanganinya makin efektif. Virus korona yang terus bermutasi membuat kerja riset genomik menjadi bagian dari rangkaian kerja bersama bangsa dan seluruh dunia mengatasi pandemi.

Kondisi ini kian mendesak ketika kasus harian covid-19 di negeri ini sudah menembus angka 21 ribu, yang dipicu varian-varian baru khususnya variant of concern (VoC) yang lebih cepat menular, meningkatkan risiko keparahan dan kematian pasien, serta mengurangi efektifitas vaksin dan terapi.

Seusai mendapat komando langsung dari Menteri Kesehatan Budi Gunadi Sadikin, kami memantapkan tim yang telah terbentuk sejak Mei 2020. Sejak pandemi ditetapkan sebagai bencana nasional, kami bahu-membahu, melibatkan banyak peneliti, institusi, dan lintas disiplin ilmu di UGM.

Gercep yang sering kali mengharuskan peneliti lembur ini harus dilakukan karena virus korona secara alamiah akan mengalami mutasi untuk mempertahankan hidup dan melakukan reproduksi. Mutasi itu akan makin intens seiring persebaran virus antarmanusia. Makin tinggi interaksi sosial antarmanusia, kian tinggi peluang mutasi atau varian baru.

Kami menjadi salah satu dari tujuh lembaga yang tergabung dalam Konsorsium Riset dan Inovasi Covid-19 yang meriset genomic covid-19. UGM ditunjuk meneliti sampel dari Kudus karena bertugas mengawal wilayah DI Yogyakarta dan Jawa Tengah. Setelah intens bekerja selama lima hari, seperti yang telah ramai dipublikasi, hasil riset kami menemukan 28 dari 34 sampel covid-19 dari Kudus atau sebanyak 82% merupakan varian delta.

 

Kolaborasi untuk kewaspadaan bersama

Temuan tim UGM ini telah berkontribusi pada rangkaian ikhtiar penanganan pandemi di Kudus juga nasional, baik dalam aspek medis maupun kebijakan. Penelitian kami yang menimbulkan kewaspadaan di antara kabar-kabar mencemaskan yang susul-menyusul.

Dalam menunaikan amanah ini, kami memadukan teknologi, teknik riset dan kolaborasi. Tahap pertama, viral transport medium (VTM) yang berisi virus-virus yang diambil dari pasien tiba di laboratorium diagnostik yang berkategori biosafety level 2+ yang terjamin keamanannya. Karena virus itu masih berpotensi menular, para peneliti menggunakan alat pelindung diri (APD) level 3, lengkap dengan kacamata, hazmat, dan sepatu bot. Di sana, virus diekstraksi menjadi ribonucleic acid (RNA) dan polymerase chain reaction (PCR).

Selanjutnya, riset berlanjut di Laboratorium Riset Terpadu (LRT) FK-KMK UGM serta Balai Besar Veteriner Wates, Yogyakarta. Di sana, kami bekerja dengan hasil RNA dan DNA sehingga cukup dengan jas laboratorium dan sarung tangan untuk mengidentifikasi jenis variannya. Kami menggunakan mesin next-generation sequencing (NGS) platform miSeq yang memiliki kemampuan terkini untuk mengurutkan susunan nukleotida genom covid-19. Selanjutnya, dilakukan analisis bioinformatik untuk menentukan varian dan garis keturunan (lineage) virus tersebut. Pada proses ini, kami menggunakan perangkat lunak BaseSpace Illumina, Pangolin, dan Scorpio.

Tantangan
Saat harus sigap sekaligus tepat menghasilkan temuan, tantangan harus kami hadapi, di antaranya mengulang proses jika ada kegagalan pada salah satu langkah. Tim kami pernah mengalami kegagalan proses PCR sehingga kami mengulang proses tersebut dari awal.

Temuan kami tentang masuknya varian delta di Kudus ini makin menguatkan pentingnya riset surveilans genomic dalam penanganan pandemi. Riset yang perlu ditunjang alat canggih dan kompetensi peneliti yang mumpuni ini sangat strategis karena bisa menentukan varian yang beredar. Pun, mendeteksi terjadinya transmisi atau penularan lokal varian tersebut di masyarakat.

Berdasarkan riset WGS covid-19 yang kami lakukan sejak 2020 hingga varian delta di Kudus, didapat pengetahuan dan bukti bahwa covid-19 terus bermutasi. Pada pertengahan 2020, varian D614G menjadi perhatian publik dan peneliti juga kalangan medis. Selanjutnya akhir 2020 varian alfa (B.1.1.7).

Menyelamatkan pasien anak

Seusai bergelut dengan varian delta di Kudus, pekan depan (Senin, 5/7) kami akan bergerak pada kasus penularan terhadap anak yang kian mengkhawatirkan. Kami akan menindaklanjuti sampel anak usia 0 hingga 5 tahun, serta umur 5 sampai 18 tahun di Solo Raya serta VoC di wilayah DI Yogyakarta.

Mari bersama kita pahami bahwa virus korona akan terus bermutasi sehingga memberikan dampak luar biasa pada kehidupan manusia. Kita, manusia, diminta untuk terus berpikir dan berusaha bagaimana mengembangkan pengetahuan dan teknologi untuk menghadapi pandemi ini serta tentunya patuh pada protokol kesehatan!