Dosen UMS Temukan Spesies Baru Bakteri Streptomyces

DOSEN Fakultas Ilmu Kesehatan Universitas Muhammadiyah Surakarta (UMS), Ambarwati berhasil menemukan spesies baru bakteri Streptomyces. Bakteri yang diajukan namanya sebagai stretomyces cemorosewuensis sp.Nov itu memiliki senyawa yang dapat mengatasi resistensi bakteri patogenik terhadap antibiotik. 

"Resistensi bakteri patogenik terhadap antibiotik yang telah ada kini sedang persoalan dunia. Data 2019 menunjukkan lebih dari 2,8 juta infeksi telah resisten terhadap antibiotik di Amerika Serikat dan menyebabkan 35 ribu orang meninggal," kata Ambarwati di Edu Park UMS, Kota Surakarta, Jawa Tengah, Senin (24/2).

Fenomena itu mendorong penelitian untuk mencari sumber antibiotik baru. Salah satu yang menjadi fokus penelitian adalah streptomyces yang dikenal sebagai bakteri yang mampu menghasilkan antibiotik terbanyak, yakni 75%-80%. "Streptomyces cemorosewuensis berdasarkan hasil antiSMASH juga memiliki gen pengkode senyawa bioaktif sebanyak 53 kluster yang dapat menghasilkan antibiotik," katanya.

Dosen program studi kesehatan masyarakat itu menemukan bakteri tersebut dari rhizosfer rumput teki yang dihidup di kawasan Cemoro Sewu, Kabupaten Magetan, Jawa Timur. Bakteri tersebut kini sedang dalam proses submit ke National Center for Biotechnology Information (NCBI) untuk mendapatkan accession number. 

Ambarwati memaparkan, dalam penelitiannya dia menemukan enam isolat streptomyces yang berpotensi menghasilkan antibiotik. Dari enam itu berdasarkan sekuen gen 16S rRNA ada dua isolat yang berpotensi sebagai spesies baru.

Namun, setelah dilakukan penelitian lanjutan metode sekuensing genom utuh (WGS) hanya satu isolat yang dinilai paling potensial menghasilkan antibiotik dengan spektrum luas dan bahkan mampu berperan sebagai anticandida. Hasil ini, lanjut Ambarwati, justru mampu mengubah konsep dasar yang selama ini banyak digunakan peneliti di seluruh dunia.

Selama ini peneliti menentukan status spesies baru hanya berdasarkan similaritas gen 16S rRNA. Namun, hasil ini menunjukkan bahwa dua isolat dengan indeks similaritas gen 16S rRNA 100% ternyata setelah di WGS menunjukkan similaritas hanya 95,31%. Masih di bawah standar penentuan spesies baru, yaitu 98,65%.

"Artinya, kalau berdasarkan sekuen gen 16S rRNA keduanya adalah satu spesies, tapi dengan WGS keduanya dapat dikatakan sebagai spesies yang berbeda," kata Ambarwati.

Penentuan spesies baru streptomyces itu juga didasarkan pada hasil analisis menggunakan tiga software. Yaitu, RASH, AntiSMASH, dan BASys. Hasil analisis tiga software tersebut menunjukkan perbedaan nyata antara isolat tadi dengan streptomyces rochei NRRL, B2410 sebagai spesies pembanding.

"Saya berterima kasih kepada promotor saya, Triwibowo Yuwono dan ko promotor, Subagus Wahyuono dan Sukarti Moeljopawiro, karena beliau yang menyarankan WGS sehingga bisa ditemukan spesies baru ini," pungkas Ambarwati. (OL-12)