Pembajakan dimulai dua hari sebelumnya. Pesawat maskapai Egypt Air tujuan Malta yang terbang dari Athena, Yunani, dibajak setelah lepas landas. Pembajak kemudian memaksa pilot mendaratkan pesawat di bandara dekat Kota Valleta, Malta.
Setelah beberapa jam, pembajak kemudian melepas beberapa penumpang. Namun, tidak lama pembajak menembak tiga warga Israel dalam waktu dua hari. Perdana Menteri Malta kemudian memutuskan menyerbu langsung pembajak. Pasukan komando Mesir segera beraksi di dalam pesawat.
Namun, pembajak juga melawan dengan menembakkan senjata dan melemparkan granat di antara kerumunan penumpang. Akibatnya, peristiwa itu memakan banyak korban, setidaknya 50 penumpang dan 6 pembajak tewas.
